Centrum prowadzi archiwum zakładowe, gromadzące wszelką dokumentację powstałą w czasie działalności Centrum tj. zarówno materiały archiwalne (tj. dokumentację kategorii A) jak i dokumentację niearchiwalną (tj. dokumentację kategorii B). Archiwum zakładowe podlega zastępcy Dyrektora ds. Administracyjno-Ekonomicznych.
Dokumentacja przechowywana w archiwum udostępniania jest do celów służbowych. Udostępnianie dokumentacji osobom trzecim wymaga zgody Dyrektora Instytutu bądź osoby przez niego upoważnionej. W takim wypadku dokumentacja jest udostępniana w lokalu archiwum Centrum.
Centrum prowadzi Kancelarię tajną, stanowiącą wyodrębnioną komórkę organizacyjną, w zakresie ochrony informacji niejawnych. Dostęp do informacji niejawnych odbywa się na zasadach określonych w ustawie z dnia 5 sierpnia 2010 r. o ochronie informacji niejawnych (Dz. U. z 2010 r., Nr 182, poz. 1228).
